В целях укрепления репродуктивного здоровья населения, охраны здоровья матери и ребенка, а также создания эффективной системы управления медицинскими учреждениями Постановлением Президента Республики Узбекистан №296 от 8 сентября 2023 г. “О мерах по охране здоровья матери и ребенка, укреплению репродуктивного здоровья населения” на базе территориальных перинатальных центров, центров репродуктивного здоровья населения и центров скрининга матери и ребенка в Республике Каракалпакистан, областях и в г. Ташкенте образованы 14 региональных филиалов Республиканского специализированного научно-практического медицинского центра здоровья матери и ребенка.
Координацию деятельности региональных филиалов Центра осуществляет Отдел по работе с филиалами Центра здоровья матери и ребенка, возглавляемый заместителем директора по работе с филиалами Аллаяровым Б.К.

В задачи отдела по работе с филиалами входят координация и развитие на региональном уровне:

• методов диагностики, лечения и профилактики заболеваний;
• внедрение современных высокотехнологических вмешательств;
• развитие телемедицины;
• развитие науки и образования;
• Организационно-методическая работа

Филиалы Центра осуществляют методическое руководство деятельностью родовспомогательных медицинских учреждений в своих регионах.